L'univers tout entier est en danger lorsque les daleks mettent leur plan à exécution. Le Docteur est impuissant et le Tardis lui-même risque la destruction. Le seul espoir repose sur l'armée secrète du Docteur. Mais alors qu'ils joignent leurs forces pour combattre Davros, la prophétie déclare que l'un d'entre eux devra mourir.

Rose Tyler, Martha Jones, Sarah Jane Smith, et Jack Harkness se rassemblent pour défendre la Terre menacée par le grand empire de Dalek. Alors que les combats font rage, le Docteur et Donna doivent défier la Proclamation des ombres afin de découvrir la vérité. Cependant, un vieil ennemi est tapi dans l'ombre...

Le monde de Donna s'écroule, mais le docteur est introuvable. A la place, elle obtient l'aide d'une mystérieuse femme blonde, une voyageuse d'un univers parallèle. Les deux femmes unissent leurs efforts, mais n'est-il pas déja trop tard pour sauver le monde?

Le Docteur est pris au piège, seul, impuissant et terrifié sur la planète Midnight. Bientôt, des bruits de coups sur les murs résonnent. Seule une femme, Sky, semble connaître la vérité. Alors que la paranoïa se transforme peu à peu en chasse aux sorcières, Sky retourne les plus grandes forces du docteur contre lui et un terrible sacrifice doit être fait.

Alors que les ombres sont de nouveau en marche, le docteur fait alliance avec le mystérieux professeur River Song. Cette aventure l'amène à découvrir des secrets très anciens, mais aussi des révélations sur son propre futur.

Il y a une centaine d'années, la plus grande bibliothèque du monde a été scellée, avec pour seule explication l'avertissement suivant : ''comptez les ombres''. Donna et le docteur vont devoir découvrir le terrible secret enfermé dans la légendaire bibliothèque...

Donna et le Docteur débarquent dans les années 20, sur Terre et se font inviter pour un dîner en présence d'Agatha Christie...mais lorsqu'un meurtre est commis, ils se retrouvent au cœur d'une histoire digne d'un roman de l'écrivain...

Le docteur rencontre la femme la plus importante de sa vie sur la lointaine planète de Messaline, au coeur d'une guerre sans fin. Mais alors que le général Cobb évoque la possibilité d'un génocide, et que Martha est kidnappée par les Haths, le docteur fait face à une bataille plus dure encore: peut-il se réconcilier avec son enfant?

Les Sontarans déclenchent leur plan d'attaque et commencent à étouffer la planète entière. L'UNIT est sans défense, et compte de plus un traître dans ses rangs. Alors qu'une guerre interplanétaire s'annonce, le docteur doit se battre pour sauver Martha et Donna, mais devra-t-il choisir de ne sauver que l'une d'entre elles ?

Martha Jones rappelle le docteur sur la terre des temps modernes, mais un vieil ennemi l'y attend. Le mystérieux ATMOS se répandant à travers le monde, Donna réalise que sa propre famille n'est pas à l'abri de la menace extra-terrestre. Mais est-il encore temps de la sauver ?

Le docteur et Donna poursuivent leur voyage et atterrissent sur une planète enneigée. Ils découvrent que les Oods y sont devenus les esclaves des humains. Cependant, de fréquents meurtres sont commis par des Oods aux yeux rouges. Le docteur va enquêter sur l'étrange servilité de ces créatures, qui semble liée à ces crimes...

Donna et le docteur voyagent à travers l'Histoire ancienne. Lorsqu'ils arrivent en l'an 79, ils découvrent la ville de Pompéi sur le point d'être détruite. Les voyageurs du temps font face au plus grand dilemme qui leur a été donné de surmonter: l'Histoire doit-elle être changée, ou le docteur doit-il laisser les habitants périr?

Le Docteur enquête sur une nouvelle pilule miracle pour maigrir derrière laquelle se cache une terrible vérité. Donna Noble enquête aussi sur la même affaire...